Преимущества метода
Определение более 50 микроорганизмов одновременно в одном анализе
Универсальность в отношении разных групп микроорганизмов: бактерии, грибы, вирусы
Чувствительность 10 в 4ст -10 в 5 ст клеток в пробе
Селективность – до вида при наличии маркера
Анализ непосредственно в материале без высевания и подращивания
Не требует биологических и биохимических тестовых материалов – культуральных сред, ферментов, праймеров
Срок выдачи результата 3-5 рабочих дня
Стоимость услуги ХМС невысокая
Сравнение методик диагностики
Применяемые на сегодняшний день в клинической практике методы определения микроэкологического статуса организма человека, а также диагностики инфекций имеют определенные ограничения и недостатки.
| Методы исследования | Описание | Преимущества | Недостатки | Срок выполнения |
|---|---|---|---|---|
| Культуральные методы (Посев кала на микрофлору) золотистый стафилококк (S. aureus) клебсиеллы (Klebsiella), эшерихии (Escherichia) энтеробактер (Enterobacter) цитробактер (Citrobacter) ацинетобактер (Acinetobacter) протей (Proteus) клостридии (Clostridia) серрации (Serratia) псевдомонады (Pseudomonas) дрожжеподобные грибы (Candida и др.) и другие возбудители. | Используются различные среды для селективного выращивания бактерий. В качестве источника бактерий могут выступать кал, аспират и биоптаты слизистой тонкой или толстой кишки | Высокая распространенность, опыт работы с ними лабораторных работников, возможность диагностировать наличие основных патогенных микроорганизмов | Трудоемкость, дороговизна, исключительная долговременность: до 10 сут для получения результата , лишь небольшая фракция бактерий может быть культивирована | 4-10 дней |
| ПЦР (Острые кишечные инфекции: Ротавирус гр. А, норовирус 2 геногруппы, астровирус, РНК (Rotavirus A, Norovirus 2, Astrovirus, ПЦР) кал, кач.;Шигеллы, эшерихии, сальмонеллы, кампилобактерии, ДНК (Shigella spp., E. coli (EIEC), Salmonella spp., Campylobacter spp., ПЦР) кал, кач.; Энтеровирус, РНК (Enterovirus, ПЦР) кал, кач.) | Репликация ДНК- полимеразой нуклеотидной последовательности, характерной для определенного вида микроорганизмов, количества фрагментов ДНК с такой последовательностью | Высокая чувствительность и специфичность, возможность автоматизации и быстрого получения результата | Вероятность ложноположительных результатов ( и-за высокой чувствительности), ложноотрицательных результатов( амплификации погибшего микроорганизма), констатация лишь присутствия/отсутствия микробных тел , поэтому трудно однозначно рассматривать с точки зрения клинической практики. не охватывает 50 наименований сразу. | 2 дня |
| Секвенирование геномов 16S рибосомальной РНК( от англ. sequence-последовательность). Основное преимущество секвенирования 16S рРНК – наличие ее во всех бактериях. В итоге получаем формальное описание первичной структуры линейной макромолекулы в виде последовательности мономеров в текстовом виде. | Метод определения последовательности азотистых оснований в генах 16S rРНК ( встречаются в геномах всех прокариот и малоподвижен мутациям). Считается золотым стандартом определения видовой принадлежности бактерий | Преимущество секвенирования 16S рРНК заключается в том, что отсутствует необходимость секвенирования полных геномов бактерий, а также исключается примесь ДНК эукариот (в том числе организма хозяина), грибов и вирусов. | Ошибки свойственные ПЦР, широкий разброс оценок разнообразия видов ( феномен передачи генов 16S pРНК " по горизонтали" между родственными видами), неспособность оценить биологические функции изучаемых микроорганизмов. Результат выдается на 30 листах- трудоемкая работа по интерпретации результата. | 30 дней |
| Хромато-масс-спектрометрия микробных маркеров(ХМС), Это метод разделения смесей веществ и частиц в газовом хроматографе с последующим анализом их состава в динамическом режиме на масс-спектрометре. | Является прямым методом диагностики, самым информативным и быстрым для оценки воздействия на большое количество микробных сообществ, например для оценки воздействия антимикробных средств на микробиоту, как сказывается диета на пищеварение и работу ЖКТ. | Позволяет одновременно измерять концентрации более 50 микробных маркеров непосредственно в анализируемом материале: биологических жидкостях и тканях, минуя стадии предварительного посева на питательные среды, при этом не требуется транспортная чувствительная среда. Скорость обработки анализа около 3-х часов. | Отсутствие специфических жирно-кислых маркеров у некоторых клинически значимых микроорганизмов; Определенная часть микроорганизмов определяются до групповой принадлежности, но не до вида | 2 дня |
Сравнение протоколов
Основные отличия протоколов
Разделение микроорганизмов на резидентные и транзиторные согласно их встречаемости.
Встречаемость микроорганизмов выше 50 % в данном биотопе – резидентные, ниже 50% — транзиторные;
Выделена колонка «референтное значение», в связи с тем, что в свое время пересчитали нормы и референтные диапазоны по большой выборке амбулаторных пациентов с исключением «нездоровых субъектов».
Анаэробные микроорганизмы помечены буквами «Ан», это важный момент для дифференциации микроорганизмов с последующим подбором терапии.
Мы не даем рекомендации по применению антибиотиков, т.к. в коррекции дисбиоза микробиома они используются редко, а их перечисление подталкивает пациента к их бесконтрольному применению; методика ХМС персонализированная и не подразумевает технологически культивирование среды для определения чувствительности к антибиотикам в принципе.
Мы приводим таблицу соотношений групп микроорганизмы к общей бактериальной нагрузке.
